Indépendamment de la géologie, c’est la disponibilité en eau qui détermine les principaux contrastes du patrimoine naturel au sein de l’archipel, et celle-ci est surtout conditionnée par la topographie. Sa caractéristique hydrologique est en effet l’extrême variabilité de la ressource en eau dans l’espace et dans le temps. Il peut ainsi tomber jusqu’à 10 mètres d’eau par an au sommet de la Soufrière, alors que, dans le même temps, la Désirade en reçoit à peine 1. Par ailleurs, seule la Basse-Terre abrite, grâce à son relief montagneux et à son couvert forestier, des rivières pérennes (55 cours d’eau permanents), alors que les autres îles de l’archipel, particulièrement sèches, ne comptent pour l’essentiel, que des ravines, cours d’eau intermittents. Les eaux superficielles sont captées dans de nombreux cours d’eau sur l’ensemble de la Basse-Terre pour y être distribuées. D’importants réseaux de transfert captent l’eau en Basse-Terre et l’amènent vers la Grande-Terre pour l’irrigation ou l’eau potable. Pour ce qui est des ressources en eau souterraine, une importante ressource est disponible en Grande-Terre et dans une moindre mesure à Marie-Galante. Des potentialités existent certainement en Basse-Terre, mais elles ne sont pas encore suffisamment connues. La gestion de l’eau et des milieux aquatiques en Guadeloupe est particulièrement délicate. Elle se pose à la fois en termes de préservation des milieux aquatiques, de pénurie (carême), de maîtrise de la distribution (taux de fuite très élevé) et de la qualité des eaux distribuées. Beaucoup d’infrastructures d’assainissement ne sont pas conformes à la réglementation. Les rejets domestiques provenant de ces installations sont à l’origine, avec les effluents industriels et agricoles, de pollutions des eaux tant de surface que souterraines.